Pese al clima de confrontación y ataques entre candidatos que se vivió durante las campañas, el proceso electoral más grande de la historia se desarrolló en paz, aunque con incidentes.
Los centros de votación, que fueron instalados por los propios ciudadanos, en muchos casos sufrieron retrasos en su apertura, lo cual no era de sorprender, ya que una sola mesa directiva debía organizar todo lo necesario para recibir la votación para cargo locales y federales.
Hubo gran inconformidad por la rapidez con que se agotaron las boletas electorales en las casillas especiales, destinadas para los ciudadanos en tránsito o fuera de su ciudad por diversos motivos.
La molestia de los ciudadanos por no alcanzar a votar en estas casillas propició, por ejemplo, un bloqueo en Periférico Sur, de la Ciudad de México y en otros puntos.
Cabe mencionar que este tipo de casillas son dotadas de 750 boletas, tal como lo dispone la ley, por lo que los reclamos ciudadanos exigiendo más boletas no podían ser atendidos. El Consejero electoral Ciro Murayama, subrayó que el hecho de que se agotaran las boletas no era responsabilidad de los funcionarios de casilla.
Hacia el mediodía el presidente del Instituto Nacional Electoral, INE, Lorenzo Córdova emitió un mensaje informando que hasta ese momento solo cuatro casillas no se habían podido instalar.
La Fiscalía Especializada en Delitos Electorales, Fepade, informó que recibió 394 denuncias por presuntos delitos electorales, entre el día jueves y el domingo a las 2 de la tarde se contabilizaron mil 106 denuncias a nivel nacional; 640 del fuero común y 466 del federal.
En Puebla se reportaron balaceras en San Aparicio, Barranco Hondo y San Francisco Totimehuacán, así como robo de urnas. Este fue el estado con más denuncias ante la Fepade, con registró 127; le siguieron la capital del país, con 51; y, en tercer lugar el Estado de México (46).
En la Ciudad de México, se reportó el robo con violencia de papelería electoral en Iztapalapa, en la colonia Santiago Acahualtepec 2ª Sección. También se registró una quema de votos en Chilchota, Michoacán.
No obstante con estos y otros incidentes, las inmensa mayoría de las casillas electorales cerraron sus puertas puntualmente a las 18:00 horas, en sus respectivos husos horarios..